اگرچه مجتبی خامنه‌ای از زمان شروع حملات اخیر در ملاء عام دیده نشده است، اما اعتقاد بر این است که پس از حمله‌ای که منجر به کشته شدن پدرش و همسرش زهرا حداد عادل شد، او هنوز زنده است.